Entre os casos que envolvem o senador estão investigações formais, procedimentos preliminares e episódios revelados por reportagens. Em todas as situações, Flávio nega ter cometido irregularidades. 

Uma das principais apurações em andamento envolve o financiamento do filme Dark Horse, produção sobre a trajetória do ex-presidente Jair Bolsonaro. A Polícia Federal investiga possíveis crimes de lavagem de dinheiro, evasão de divisas, corrupção e organização criminosa relacionados aos recursos destinados ao projeto. Parte da investigação examina transferências associadas ao ex-banqueiro Daniel Vorcaro. 

Segundo documentos da Polícia Federal mensagens trocadas entre Flávio Bolsonaro e Daniel Vorcaro tratavam da busca por financiamento para o filme. O senador admite ter solicitado apoio financeiro ao empresário, mas afirma que se tratava de uma tentativa legítima de captação privada de recursos, sem contrapartidas ou favorecimentos. 

Outro procedimento encaminhado ao STF trata de suspeitas de lavagem de dinheiro relacionadas à ligação entre Flávio Bolsonaro e o advogado Willer Tomaz. As informações disponíveis indicam que o material foi remetido à Corte para análise, sem que isso represente, por si só, conclusão sobre eventual responsabilidade dos envolvidos. 

Rachadinhas na Alerj

O episódio mais conhecido envolvendo o senador continua sendo a investigação das chamadas "rachadinhas" na Assembleia Legislativa do Rio de Janeiro. O Ministério Público suspeitava da existência de um esquema de recolhimento de parte dos salários de assessores quando Flávio Bolsonaro exercia mandato de deputado estadual.

A denúncia acabou sendo inviabilizada após decisões judiciais que anularam provas utilizadas na investigação. Em 2025, o STF rejeitou pedido de reabertura do caso, embora tenha registrado que uma nova apuração poderia ocorrer caso surgissem provas inéditas. 

Atuação em processos do 'Faraó dos Bitcoins'

Também pesa sobre Flávio denúncias de que o escritório de advocacia de Flávio Bolsonaro recebeu honorários para atuar na defesa de Tunay Pereira Lima, apontado em investigações como ex-sócio de Glaidson Acácio dos Santos, conhecido como "Faraó dos Bitcoins". 

As publicações não indicam acusação criminal contra o senador em razão dessa atuação profissional. O episódio ganhou repercussão pública por envolver personagens ligados à Operação Kryptos, que investigou supostas fraudes com criptomoedas. 

Uso de helicóptero apreendido na Operação Kryptos

Durante a campanha presidencial de 2026, reportagens noticiaram que Flávio Bolsonaro utilizou um helicóptero que havia sido citado em investigação da Polícia Federal após a apreensão de R$ 7 milhões transportados por pessoas associadas a Glaidson Acácio dos Santos. 

As matérias não relatam acusação formal contra o senador relacionada à operação. O foco da repercussão esteve na utilização da aeronave e na existência de vínculos profissionais anteriores com pessoas investigadas no caso. 

Covaxin e contatos com empresários da Precisa Medicamentos

O nome de Flávio Bolsonaro também apareceu em reportagens relacionadas ao caso Covaxin. A negociação para compra da vacina indiana pelo Ministério da Saúde foi investigada pela CPI da Pandemia após suspeitas de irregularidades no contrato.

Reportagens publicadas posteriormente relataram a participação do senador em encontros com empresários da Precisa Medicamentos, empresa que intermediava as negociações do imunizante. As publicações sustentam que tais reuniões ocorreram antes da assinatura do contrato que viria a ser questionado pelos órgãos de controle. 

Festas privadas

Em 2026, diferentes veículos publicaram reportagens baseadas em informações atribuídas à revista piauí e a material fornecido pelo ex-sócio Alexandre Santini. Os relatos mencionam a participação de Flávio Bolsonaro em encontros privados com garotas de programa e empresários ligados ao caso Covaxin.

As informações foram divulgadas a partir de depoimentos, mensagens, fotografias e registros de viagens descritos pelas reportagens. Até o momento, as fontes localizadas não indicam a existência de denúncia criminal formal decorrente desses episódios.